সেসিপ প্রকল্পের প্রথম পর্যায়ের কর্মকর্তাদের বিধিবহির্ভূতভাবে রাজস্বখাতে স্থানান্তরের মাধ্যমে কোটি কোটি টাকার ঘুষ বাণিজ্যের গুরুতর অভিযোগ উঠেছে। শিক্ষা মন্ত্রণালয়ের কতিপয় কর্মকর্তা ও প্রভাবশালী চক্রের যোগসাজশে চলমান আদালতের মামলা ও সরকারি নীতিমালা উপেক্ষা করে এই পাঁয়তারা চালানো হচ্ছে।