জাতীয় স্বাধীন তদন্ত কমিশনের প্রতিবেদনে বলা হয়েছে, ২০০৯ সালের পিলখানা হত্যাকাণ্ড পরিকল্পিত ষড়যন্ত্রের ফলাফল ছিল এবং এতে কিছু প্রভাবশালী রাজনৈতিক ব্যক্তিরও জড়িত থাকার প্রমাণ পাওয়া গেছে।