বাংলাদেশের অন্তর্বর্তীকালীন সরকারের ১৮ মাসের শাসনকাল ঘিরে রাজনৈতিক বিতর্কের পাশাপাশি সংবিধান লঙ্ঘন, ক্ষমতার অপব্যবহার, মৌলিক অধিকার হরণ, বিচারিক প্রক্রিয়ায় হস্তক্ষেপ, দুর্নীতি এবং গুরুতর অবহেলার মতো নানা অভিযোগ সামনে এসেছে। এসব অভিযোগের কিছু সরাসরি ড. মুহাম্মদ ইউনূসের বিরুদ্ধে, আবার কিছু তার নেতৃত্বাধীন সরকারের কর্মকাণ্ডকে কেন্দ্র করে। অভিযোগগুলো সত্য প্রমাণিত হলে সংশ্লিষ্ট ব্যক্তিদের বিরুদ্ধে প্রচলিত আইনে ফৌজদারি ব্যবস্থা নেওয়ার সুযোগ রয়েছে।